北京時間10月26日，中國央視前主持人崔永元接受西安時代人物雜誌社長兼總編馬川採訪時表示：「他（方舟子）必須死。為什麼？就是因為他這個網路集團在網路使用暴力，包括他推廣有毒有害的轉基因，多少條人命已經在裏面了，我怎麼跟他講和啊？我們往最少的說也得有一百條了吧？」
方舟子與崔永元因轉基因結怨，2013年，崔永元「自費」過萬赴美「調查」轉基因食品的安全問題，宣稱：「在美國的超市，轉基因食品是有明顯標記的，並且和非轉基因的食物是分開排放的。並且大部分的美國消費者對轉基因的危害是有認識的，且表示，如果能夠不買轉基因食品的話，他們會盡量避開這類食品，因為對人體的危害性目前還沒有深刻的研究。」崔永元的轉基因紀錄片在國內引起軒然大波，而且他的結論和國內知名學者力挺轉基因的觀點大相徑庭。
2013年9月，崔永元與方舟子關於轉基因食品市場化問題在互聯網上展開辯論。崔永元2014年稱方舟子常收黑基金，是網路流氓和騙子，用騙術獲得67萬美元，並在美國購入豪宅一棟，要求方舟子「在法庭上證明67萬美元是『正常收入』」。