作者： 小山狗
最大的感覺就是失望，痛心，還有憤怒。我們都已經發現那麼及時了，為啥現在還是沒能控制住？讓全國進入的疫情大戰？更多的不是科學因素，也不是技術因素，而是決策和媒體。
（CDT編者按：本文公眾號原文已被刪除）
2019年12月26日剛上班，還是如往常一樣先大概瀏覽一下這一天的mNGS病原微生物自動解讀結果，沒問題的話就開始一天的研發工作了。
意外的是，發現有一個樣本報出了敏感病原體——SARS冠狀病毒，有幾十條的序列，且這個樣本只有這麼一個有意義的病原體，如果是普通病毒，這已經是一個相當可靠的結果了。心頭一緊，趕緊後台查看詳細的分析數據，發現相似度並不算很高，只有大約94.5%（這跟卡相似度的閾值有關，相當於只篩選下了相似度比較高的序列）。想到有幾種可能：1、SARS不同毒株基因組有一定差異；2、RNA病毒容易突變，距離SRAS事件17年了，變異比較大；3、近緣物種的錯誤比對等等。為了確認結果的可靠性，開始了詳細分析。
好在之前已經遇到過幾次這種類似的敏感的病原體確認分析工作，而且領導也曾跟我討論過幾次能不能做一個新發病原自動挖掘的分析流程，心裏一直記著這個事情，在做其他權重更高優先順序更高的項目時也隨手做了一個初步的版本出來，這個樣本剛好可以派上用場。我給它起了個名字，相比于日常生產用的分析流程，它多了個後綴：「探索版」，包含了幾乎所有已測序的病毒基因組。
探索版的分析結果提示這個病原體跟BatSARSlike coronavirus最相似，整體相似度在87%左右，而跟SARS的相似度是約81%。比對上的序列數由幾十條上升到了500多條，此外也組裝出了5條contig，加起來有1200多bp，此時基本上可以確認是一種冠狀病毒，可以針對冠狀病毒進行詳細分析。分析期間也開始跟解讀負責人和領導小範圍內部保密討論。
（下午才發到群里的圖）
（跑到了傍晚才出圖）
比較奇怪的是，這個未知的病毒跟bat-SL-CoVZC45和bat-SL-CoVZXC21聚到了一個相對獨立的分枝上，而其它Bat SARS like則很集中地聚在SRAS那一群裏面，想著也許是這兩個的分類有點問題，但去看了出處的文獻，方法上跟其它的也沒啥區別，尊重文獻的分類吧，暫且認為是對的。（這也是後面某些專家們把這個未知病毒判定為新型冠狀病毒的依據之一）
前端反饋這個患者病重，著急要檢測結果，但是這麼一個重大的病原體確實不可輕易報出，中午跟幾個領導緊急開了個會，決定繼續深入分析，延遲發放報告，同時分享數據給中國醫學科院病原所一塊分析。
後面從基因層面（orf1ab、S、N等基因）進行了深入分析，並沒有什麼意義比較大的發現了，主要還是檢測到的序列數少，覆蓋率太低，都是不完整的基因，做不了什麼。
後面也繼續做了一些深入的分析。
回帖序列分佈均勻，沒有明顯的偏好，平均深度和中位深度基本一致，深度達到了1000x，說明組裝沒啥問題，測序也挺好，未知病原體也是完整的基因組存在。
此外還做了很多其他針對基因、蛋白等詳細的深入分析，不再贅述了。
分析至此已經基本可以確認這個患者的樣本裏面確實有一個病毒，但這個病毒與所有已知基因組信息的病毒都不太像，可能是一種跟Bat SARS like coronavirus類似的新型病毒。
這不一定是SARS，傳染性、致病性都未知，同時也意識到了問題潛在的嚴重性，對實驗室做了全面清理消毒，樣本無害化銷毀，實驗操作相關人員進行了相關監測。
接下來就是怎麼去報告的問題了，直接報可能會嚇著醫生，何況這可能是一個新發病毒，報錯了就是重大的事故。有一些必要的信息還是需要先進行排查的。
最先想到的當然是野生動物接觸史，當時得到的信息是這個病人回過老家，不排除接觸過蝙蝠，或者被蝙蝠咬了都可能。
中午前已經跟醫生溝通了，患者也隔離了。
本以為這個事情會很快過去，畢竟除了這個患者，好像也沒有聽到其他患者感染的消息，但到12月30號的時候，聽到消息說類似癥狀的患者還有挺多個，神經又一下子繃緊了。特別是，大概是30號下午吧，一個「友商」在另一個患者的樣本裏面可能也檢測到了同一種病毒，但他們直接發了檢測到SARS冠狀病毒的報告，瞬間把消息給引爆了。晚間相關部門也發了「不明原因肺炎」的公告，31號凌晨時相關流言也開始在微博上大肆傳播。
真正讓我再度緊張的是，友商共享了序列給我們分析，我分析一看，確實就是同一種病毒！潛意識裡的第一個想法就是「這病毒具有傳染性」！可能還真是一種新型的SARS！
30號深夜拿到友商的序列進行分析。
心情複雜，感慨萬分，隨即發了條沒幾人能懂的朋友圈。
此時專家組已經開始介入，武漢病毒所等「國家隊」也開始分析鑒定，他們知道更多信息，有更多樣本和數據，也更有條件更專業，所以後續我就沒有做太多深入分析的工作了，等待官方的結果。
剛開始我對國家在處理這些突發的重大公共衛生事件的能力還是挺有信心的，畢竟經過了SARS、甲流等事件的洗禮。此外，就在兩個多月前的北京鼠疫事件，也是由我們通過mNGS檢測出來上報的，當天上報后他們就啟動了應急處理程序，馬上用了其他方法再次驗證，第二天一早就看到新聞了，後續也沒有發現新傳染的病例，防控做得很好。mNGS在鼠疫事件中立了大功，想著在這個未知病毒的防控中也能起很大作用吧。
媒體開始闢謠，最早見新京報發出「SARS系謠言」，人民日報等則用詞稍微委婉些「不能斷定是SARS」，後面8位「造謠」的人被抓了。看到這些新聞后，不知怎麼的，心裏突然有點失望了。科學上尚未有定論或者有爭議的東西，直接就是謠言了？開始有一種感覺：這種闢謠的論調，以及那些過度樂觀的宣傳都會把這個事情推向難以挽回的局面。媒體的高調闢謠會幹預這個病毒科學的定性，過度樂觀的宣傳會讓大眾缺乏敬畏之心，不會採取防衛措施。後續事態的發展又一次驗證了我的擔憂。
事件引爆了以後，也有些朋友來問我是否知情，特別是武漢的朋友。在告知一定要先嚴格保密后（畢竟有人被抓了），我還是透露了一點消息給他們，讓他們一定要注意防護。
事件後續的發展大家都知道了。這裏再說說幾個問題。
為什麼我們兩天就已經分析出了這個未知的病毒是一個跟SARS很像的冠狀病毒，並且上報了所有分析結果，官方要到1月7號才發布消息明確肺炎是由新型冠狀病毒引起的？
其實我們做的工作只是分析鑒定了送檢樣本裏面有這麼個病毒，但肺炎是否是這個病毒導致的，我們並沒有去分析，也無法去分析，檢測到病毒不等於肺炎由該病毒引起。如此重大的衛生事件，官方自然要嚴謹論證，而且也有一套國際參考驗證流程（科赫法則）。官方要做的不僅是檢測到多個樣本都有這麼個病毒，還要驗證肺炎是因為這個病毒導致的等等。
這個事情還有一個很感概的事情就是，知道真相的人噤如寒蟬，不知道真相的人各種「大力科普」、「深度分析」；親身經歷的公司隻字不敢言，其他公司各種借勢營銷。從鼠疫到新型冠狀病毒皆是如此，呵呵，好有意思。
要談對整個事件的看法，最大的感覺就是失望，痛心，還有憤怒。我們都已經發現那麼及時了，為啥現在還是沒能控制住？讓全國進入的疫情大戰？更多的不是科學因素，也不是技術因素，而是決策和媒體。
我曾經是個很憤青的人，事已至此，無力回天。馬後炮，人人都是精英，誰都不曾想到事情發展成這個樣子，所以也懶得去批判很多事情了。但有些話還是想說幾句。
闢謠SARS、媒體宣揚的樂觀情緒，這些在最早期的時候都沒有太大問題，畢竟對這個病毒的認知非常有限。在應對這些重大公共衛生事件時，疾控系統可能採用「內嚴外松」的規則，內部謹慎小心、嚴格驗證、仔細評估，對外通告卻可能偏向樂觀，避免引起過度恐慌。何況在這次事件上，怎麼去給公眾交代，顯然已經不是疾控系統能單獨決策的事了。
武漢交通樞紐的地位不必多言，當時也臨近過年，正是餐飲、旅遊、電影等服務業的旺季。悲觀的宣傳無疑會重創這些服務業，還會引起大眾過度恐慌，導致物資哄搶，社會混亂等嚴重後果。若這病毒真無什麼傳播能力，或者因為採取了這些措施扼殺了病毒的傳播，社會沒看到這個病毒能帶來什麼危害，決策者必然會被罵反應過度、小題大做，到時自然要背鍋。相反，過於樂觀的宣傳，病毒不強則皆大歡喜，開心過大年，病毒強則會導致大眾缺乏防範意識，防控工作難以展開，最終導致病毒的快速傳播，產生更加嚴重的後果。所以，當你作為一個決策者的時候，你不得不綜合考慮方方面面的因素，社會、經濟乃及政治各方面都需要做一個平衡，非常考驗決策者和專家們的能力和遠見。
走對了，平淡無奇，走錯了，千古罪人。
這個世界沒有平行宇宙，我們無法知道哪種決策才是更正確的，或更錯誤的。在國內這種什麼事情都喜歡往樂觀上面宣傳的大氛圍下，以及僥倖心理的存在，決策者做什麼決策，可想而知。
在事件的後期發展中，特別是1月12號左右開始，我相信專家們已經看到事情正在往不好的方向發展了（首批確診的41例患者，約30%並無海鮮市場接觸史，此時多地開始出現疑似病例了，有些已經初步核酸陽性）。但是在後續的宣傳上還是太過於樂觀和藝術化了，同時還在不斷闢謠，還沒任何發布預警的跡象。「不排除有限人傳人，持續人傳人風險低，可防可控」，用詞頗為謹慎講究，且不說是否過於樂觀，就問有多少普通民眾知道什麼是「有限人傳人」？什麼是「持續人傳人」？他們的理解可能就是基本不會人傳人，自然毫無戒備之心。我還在朋友圈科普了一下。
別的不多說了，談點希望吧。
mNGS確實是一個好技術，在疑難、危重病例診斷以及這種突發的重大公共衛生事件的早期監測和爆發監測中起到很大的作用。現在提供mNGS病原體檢測服務廠商有很多，建議疾控系統可以跟一些技術好的企業建立直接溝通的渠道，能夠更快速地應對像這樣的突發事件。另外，mNGS企業們也可以建立一個信息共享平台，在遇到這些事件時及時共享信息，看看是否有爆發（我知道這個很難，一方面本來就是商業機密，另一方面敏感病原體誰都不敢輕易報吧，但我還是覺得這個事情很有意義，希望有朝一日可以成為現實吧）。
也希望我們經歷了這次新型冠狀病毒事件后，國家的重大公共衛生事件的處理能力有長足進步吧。個人認為，在通告宣傳上可以借鑒天氣預報的規則——「總是會往危害大些方面去預報」，以提醒民眾做更多預防，降低心理預期。俗話說：沒有期望就不會失望。
這件事情對我而言，彷彿就是一場年終大考，用盡所學，交了一份還算合格的答卷吧，只是這份答卷是否發揮出最大的作用了呢？第一次親身參与到了一次如此重大的公共衛生事件，做出了一點貢獻，也鍛煉成長了許多。
據我目前所知，最早發現這個病毒的應該就是我們了，因為也是我們上報結果以後，疾控系統開始介入。從GISAID資料庫網站上提交的數據看，樣本收集的時間也是我們最早的。也許其他機構也測到了這個病毒，但這是未知的病毒，核酸資料庫中沒有參考基因組，他們不一定有這個生信能力去分析鑒定。
希望早點戰勝疫情吧。
中國加油！武漢加油！
2020.01.28
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文章已於2020-01-29修改